Исследователи Китайской академии наук разработали SpaceA, метод, который позволяет изучать дальние контакты хроматина и соотносить их с участками ткани. Команда под руководством Ли Сяна применила его к девяти срезам эмбрионов мыши на четырёх стадиях развития, от E11.5 до E14.5. Около 4 ТБ данных секвенирования помогли проследить изменения организации ДНК; результаты опубликованы 18 октября 2026 года в журнале Developmental Cell.

Как штрихкоды указывают на участок ткани

В микроканалах разные участки среза получают молекулярные штрихкоды. Отдельная часть метода выявляет контакты между областями хроматина, не соединяя фрагменты ДНК физически. По штрихкодам исследователи могут соотнести найденный контакт с участком ткани, где он возник.

Представим карту, разделённую на клетки, каждой из которых присвоен код. Если обнаружен контакт между двумя участками ДНК, код помогает понять, к какой части карты он относится. Это лишь условная аналогия: метод исследует ткань, а не отдельную карту.

Что изменилось в печени

В эмбриональной печени усилились контакты между участками хроматина, отстоящими на 10–40 млн оснований, а также взаимодействия между соседними компартментами. Компартменты представляют собой крупные области организации хроматина. Межхромосомные контакты на расстояниях свыше 40 млн оснований, напротив, ослабли.

Микроскопия показала сцепление гетерохроматина, плотнее упакованной части хроматина. Эта структура сопровождалась общим снижением активности генов. Между стадиями E12.5 и E13.5 также перестроились A/B-компартменты. В тот же период исследователи заметили значительные изменения транскриптома, то есть совокупности РНК, считываемых в клетках.

Совпадение этих изменений указывает на связь между организацией хроматина и активностью генов, но не доказывает, что перестройка ДНК вызвала изменения активности. Исследование охватывало только срезы эмбрионов мыши, поэтому по его результатам нельзя судить, повторится ли такая картина в других тканях или у других видов.

Описание исследования Китайской академии наук опубликовано под названием «Пространственно разрешённая архитектура генома в развитии мыши». Авторы: Yuang Ma и соавторы. DOI: 10.1016/j.devcel.2026.09.004.

Для подготовки и редактирования научных публикаций доступна услуга работы с научными статьями.

Схема показывает, как микроканалы присваивают участкам ткани штрихкоды, помогающие соотнести с ними обнаруженные контакты хроматина.

Фото: Fayette Reynolds M.S. / Pexels