Исследователи из онкологического центра Vanderbilt-Ingram в США объединили данные более 7 600 опухолей из 22 независимых исследований и создали транскриптомный атлас рака молочной железы. Результаты опубликованы 3 ноября 2026 года в журнале Cell Reports Medicine. Они показали, что опухоли с одинаковыми стандартными рецепторными маркерами могут заметно различаться по биологии, прогнозу и потенциальной чувствительности к лечению.

О работе сообщил Медицинский центр Университета Вандербильта в материале MedicalXpress. Авторы во главе с первым автором Xin Sun и ответственным автором Брайаном Леманном сопоставили данные, полученные на разных платформах секвенирования и обработанные разными методами. Для объединения наборов они адаптировали вычислительные подходы из геномики отдельных клеток.

Что добавляет транскриптом к рецепторным маркерам

Стандартная классификация показывает, есть ли в опухоли рецепторы эстрогена и прогестерона, а также белок HER2. Транскриптом дает более широкий срез: он отражает, какие гены активны в опухолевых клетках. Поэтому два новообразования с одинаковым статусом ER или HER2 могут относиться к разным молекулярным группам.

Атлас показал, что опухоли с низким уровнем рецептора эстрогена по своим свойствам ближе к ER-отрицательным, чем к ER-положительным. Это ставит под вопрос автоматический выбор для них той же тактики, которую применяют при выраженной гормональной зависимости опухоли.

Среди HER2-положительных опухолей исследователи обнаружили группы с разной зависимостью от сигнала HER2. Для некоторых из них авторы предполагают потенциальную чувствительность к определенным ингибиторам HER2-киназы. Атлас также выявил скрытую нейроэндокринную форму рака, связанную с худшими исходами после стандартной химиоэндокринной терапии. Возможной мишенью для нее исследователи назвали FGFR1.

Авторы описали и агрессивный базально-люминальный подтип тройного негативного рака. У него могут быть уязвимости, связанные с путями RTK/MAPK и ангиогенезом. Это пока не доказывает, что соответствующие схемы лечения эффективны для конкретных пациентов.

Представим две опухоли с одинаковым HER2-положительным статусом. Рост одной сильнее зависит от сигнала HER2, а в другой активны иные молекулярные программы. Рецепторный тест отнесет их к одной категории, тогда как транскриптом способен разделить. В таком случае врач может рассматривать разные направления терапии, но сам атлас не заменяет клиническое решение и не доказывает пользу конкретного препарата.

Для практического использования авторы создали инструмент, который относит опухоль к транскрипционному подтипу по данным стандартного массового секвенирования РНК (bulk RNA-seq). Сейчас он предназначен для будущих исследований и клинических испытаний. Подготовку научных статей по результатам подобных работ обычно ведут отдельно от клинической интерпретации данных.

Главное ограничение работы в том, что авторы еще не проверили в проспективном испытании, улучшают ли решения на основе транскрипционных подтипов исходы пациентов. Даже внутри известных молекулярных групп люди могут по-разному отвечать на одно и то же лечение. В доступном материале не приведены размеры отдельных подгрупп, точные различия в выживаемости и результаты такого испытания.

Схема показывает, как данные об активности генов дополняют стандартную классификацию рака молочной железы и помогают выделять разные молекулярные подтипы

Фото: roberto carrafa / Pexels